La flora y la fauna en la provincia de Marañón está determinada por las regiones naturales que posee, entre ellas yunga fluvial, quechua, suni, puna y selva alta, existen especies propias de las diferentes regiones naturales a continuación se mencionan las mas representativas

Yunga Fluvial

Territorio comprendido por debajo de los 2300 msnm, en éstas tierras se ubican localidades tales como Mamahuaje, Huambo, Potrero en la cuenca del Río Marañón y Santa Rosa de Oso, Nueva Galilea, Ají entre otros en la cuenca del Huallaga, esta región esta caracterizada por su variada flora y fauna, entre las especies representativas tenemos:

El molle, huarango, tara, achupalla, cactus, maguey, sábila, cabuya blanca y azul, pitajaya, elechos, líquenes una grán variedad de árboles y pastizales, aquí prosperan los árboles frutales tales como el palto, guayago, pacae, chirimoya, entre otros.

Las especies animales que habitan estas zonas son: oso negro, comadreja, zarigüeya, puma, algunas especies de monos, zorro, trucha, bagre, entre otros

Quechua

Entre los 2500 a 3500 msnm, esta zona presenta valles, pendientes y quebradas; posee dos estaciones bien marcadas, el invierno, con largas sequías y el verano con fuertes lluvias; su clima es templado y seco (considerándose el clima más benigno del mundo) su temperatura fluctúa entre los 11°C y 18°C.

Su flora está conformada por aliso, arrayán, chillca, taya, cortaderas, achupallas, molle, tuna, se cultivan plantas tales como el maiz, el trigo, la calabaza, la granadilla, entre otros.

En cuanto a la fauna podemos mencionar principalmente aves como el zorzal, gorrión, varias especies de colibries, garzas, entre otros.

Suni

Territorios ubicados en los declives oriental y occidental de los Andes formado por estrechas fajas onduladas, planos muy inclinados, cumbres afiladas y suelo abrupto y empinado, su clima es frio y seco, la temperetura oscila entre los 7°C y 10°C.

En cuanto a la flora podemos mencionar al quinual, el quishuar, la cantuta, el arrayán, se cultivan plantas como la papa, la oca, olluco, habas, cebada, entre otros. Su fauna esta compuesta básicamente por el zorzal negro, cernícalos, vizacachas, entre otros.

Puna o Jalca

Comprende las zonas por encima de los 4000 msnm, llanuras con relieve variado, fajas estrechas, cumbres suaves, mesetas pastizales, hermosas lagunas; su clima es muy frio y seco com fuerts precipitaciones incluso con granizo.

Su flora y fauna estan conformados generalmente por el ichu, las champas, totora, berros; hermosas flores como el mancanto y la rima rima; animales como la trucha, garzas, sapos, huachua, liclic, entre otros

Selva Alta

Comprende las zonas ubicadas en el lado oriental de los Andes, su relieve es de una superficie montañosa, presenta quebradas, valles y laderas con una vegetación tupida. Su clima es propio de las zonas tropicales, calido, húmedo y lluvioso. Su temperatura oscila entre los 22°C y 25°C y llueve durante todos los meses.

En cuanto a su flora y fauna destacan; el aguaje, ishpingo, zapote, palo de sangre, sachavaca, pez dorado, shushup, boquichico, corvina, lagarto, paucar, lechuza, entre otros.